此后，西人党领袖级郑澈登场，点燃了王储之争的导火线，也同时点燃了东西两党决战的导火线。
在民间百姓和士林儒生心目当中，郑澈有非常高尚的形象，在朝廷方面，他先后出任过右议政和左议政的官位，为西人党积聚了不错的势力。
为此，东人党的李山海在拉拢郑澈不成后，就处心积虑要将这个眼中钉除掉，以稳固他领议政的位置。
正巧，储君之争给了李山海一个非常好的机会。西人党方面，一向是支持仁嫔的儿子信城君为世子的，即使是郑澈本人不支持，但碍于党派关系，郑澈必须去支持仁嫔和信城君。李山海等人抓住了这个机会，向郑澈和西人党发起了攻击。
李山海趁着郑澈、尹斗寿等人提出信城君之前，先行提出立光海君为世子。偏向宠爱光海君的宣祖基本同意了李山海的建议。接着，李山海的儿子李庆全收买了仁嫔金氏的兄长金公谅，要他诬告郑澈故意拥立信城君以达到扰乱**和陷害王子的目的。
在东人党不断地施压下，仁嫔金氏为了保护儿子信城君，只能弃车保帅，背叛了郑澈和西人党。
这样一来，光海君被成功册封为世子，而西人党在朝廷中的势力顷刻间被扫除了。
但是此时东人党内部的矛盾也激化到了无可挽回的地步，以李山海为首的北人党和以柳成龙为首的南人党正式登场，东人党就此分化为这两大党派。
李山海担任过朝廷几乎全部品级的官位，对于朝廷的政事、人事了如指掌，是东人党后期的第一巨头以及北人党最强的领袖。
柳成龙也是担任过朝廷绝大多数官职，是东人党第二号人物与南人党的第一巨头。
当时，李山海担任的是领议政的职务，柳成龙担任的是左议政的职务，从名义上看柳成龙要听李山海的，但如果朝廷的国策没有右议政的支持，是很难落实的。李山海带领他的北人党坚持走强硬路线，柳成龙带领他的南人党坚持走稳健路线。朝廷的政治格局再次一分为二。
天正十九年（公元一五九一年），通信使黄允吉和金诚一回国了，他们带来了日本即将侵略朝鲜的消息。然而朝廷里依然是政治斗争不断，再加上北方女真部落正在不断统一强大，对朝鲜的威胁也越来越多。
次年，秀吉正式发布命令出征朝鲜，四日之内，朝鲜海防重镇釜山、东莱、梁山等地相继陷落。其余沿海守军闻风而逃，朝鲜的海防线迅速崩溃。登陆仅十七日，日军便兵不血刃地进入汉城。朝鲜朝廷逃到了开城。
此时，在柳成龙的弹劾下，北人党首领李山海背上了误国的罪名，从领议政的位置上被赶下来，而柳成龙，如愿以偿地坐上了领议政的位置。
柳成龙先以死保荐了李舜臣、权慄等曾经抵抗过女真部落的名将，让他们率领水陆大军阻挡日本的进击；其后，又保举了礼曹参判兼大提学李德馨，让他到前线去与日军和谈。
可惜，李德馨没有延缓日军侵略的步伐。日军稍事整顿，继续北进攻陷开城，朝鲜朝廷逃往平壤。
宣祖把责任全部推到了柳成龙的身上，在残余北人党和西人党分子的弹压之下，柳成龙引咎辞职，调任平安道观察使，受命与金诚一组织义军抵抗日本。
此时，西人党的首领尹斗寿被暂时请出来当了一段时间的领议政。不久，平壤也失陷，临海君被俘。
就这样，仅两个月零两天，朝鲜三都尽失，宣祖在西人党成员郑琢的帮助下带领朝廷众臣逃到了北方边境义州，派遣李德馨向明朝求救。
南人党的柳成龙通过战争掌握了兵权，他虽然被下放到外职，但以招募义军的能力取得了一定的兵权。
其次，朝鲜水军名将李舜臣率领的舰队多次袭击了日本舰队的补给线，立下了战功，那么推荐李舜臣的柳成龙自然又取得了法宝。
其三，派往明朝去求援的李德馨也是南人党的成员，随后到来的明朝援军也自然会站到柳成龙一边。
就在李山海、柳成龙被迫下台后，西人党趁着尹斗寿当上领议政的机会企图卷土重来，把原是东人党的南人和北人一举消灭。
明廷主战气氛高涨。明神宗命宋应昌为经略，总领抗倭事宜；急调陕西总兵李如松入辽，为东征提督，总体负责军事。明朝从全国范围调集了四万精锐。这四万军队在宋应昌和李如松的率领下，浩浩荡荡地跨过了鸭绿江，开进了朝鲜。
李德馨作为明朝军队的接见官，很快就与李如松达成了政治上合作的默契。心理上先入为主的明朝军官们，很自然地开始在朝廷里支持起了南人党的势力。
此后，明军依靠着火力上的优势打败了日军，逼迫行长率军逃往了汉城。
明军的胜利大大助长了南人党在朝廷当中的气势。李德馨等亲明派的势力一下子就压倒了北人党和西人党。
在李如松等明朝将领的支持下，宣祖恢复了柳成龙的部分官职。
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