可以这么说，吕惠卿背叛了王安石，但是并没有背叛新法。无论是在朝中还是在州县，吕惠卿都是新法最坚决的贯彻者。
在吕惠卿任职参知政事期间，继续推动新法的进行，不仅废罢了制科，还保证了市易法的继续推行。两次灾荒(1073-1074年)期间，吕惠卿等变法派在汴京粜卖了数以万石计的粮食，稳定了京师居民的生活。尤其是在河北、江浙等为地区，利用贮的青苗钱米，募集受灾农民兴建水利和从事其他工役，度过灾荒。
吕惠卿守边时，推广了置将法等新法，并改变了许多现象--"陕西缘边汉蕃兵各自为军，每战则以蕃部为先锋，而汉兵城守，伺便乃出战。惠卿始合之为一，先搜补守兵而出其选以战，随屯置将，具条约上之。"吕惠卿守边期间还在元丰八年(1085年)和绍圣三年(1096年)取得了两次大的胜利。
赵佶看着这位佝偻的老臣，问道：“吾欲以荆公陪祀孔庙，计相以为何如？”
吕惠卿跪伏在地上说道：“官家圣见，臣不胜感激！”
赵佶说道：“还是由计相上劄子，吾来批准。也令天子知之！”
吕惠卿不再言语，只是流着眼泪向赵佶行了大礼，然后拜辞而去。赵佶知道，士大夫们谁不在乎身后之名？吕惠卿说是不在乎，其实对自己当年的行为，是深感愧疚的。赵佶让吕惠卿上劄子为王安石请陪祀，也是给吕惠卿洗刷自己恶名的机会，毕竟当年更多的政见之争。
而今赵佶要用吕惠卿，还是要为这位老臣消除心中的芥蒂的。
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